Un portail d’outils bioinformatique

Pour le biologiste, l’exécution des analyses bio-informatique implique une gestion du temps d’analyse des données et des outils à disponibilité. Les utilisateurs ont besoin d’aide pour organiser leur travail, de récupérer les paramètres et reproduire leurs analyses. Ils doivent également être en mesure de combiner leurs outils d’analyse en utilisant un mécanisme de sécurisant le flux de données généré par les differents outils.

Enfin, étant donné que les outils disponibles peuvent parfois être difficiles à installer, il est particulièrement utile pour les biologistes de pouvoir utiliser ces outils par le biais d’une interface utilisateur Web. Cependant, offrir une interface web pour un ensemble d’outils pose des problèmes q’un portail Web unique ne peut offrir tous les services existants et possibles: c’est l’utilisateur, à nouveau, qui doit faire face à la surveillance et la gestion des données de sortie entre un certain nombre de services et outils différents. Un cadre permettant aux administrateurs du portail de construire un réseau de coopération avec les services serait donc clairement être bénéfique.

Bertrand Néron, et ses collaborateurs du Groupe Logiciels et Banques de Données à L’Institut Pasteur de Paris, a donc conçu un système, Mobyle, capable de fournir un environnement flexible et utilisable par le biais d’un portail Web pour définir et exécuter des analyses bio-informatique. Il contient de simples mais puissantes fonctions de gestion des données qui permettent à l’utilisateur de reproduire des analyses et de combiner les outils en utilisant un système de typage hiérarchique. Mobyle offre la possibilité d’appeler des services distribués sur des serveurs distants (ou webservices), permettant ainsi l’integration d’un réseau fédéré de portails bioinformatique organisé de manière à ce que l’utilisateur n’ait pas à apprendre des concepts complexes, ou à installer des logiciels sophistiqués.

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